บัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยนเรศวร มีความเป็นมาตั้งแต่เมื่อวิทยาลัยวิชาการศึกษาพิษณุโลกได้รับการยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒพิษณุโลก วิทยาเขตพิษณุโลก จึงมีการจัดตั้ง "บัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ วิทยาเขตพิษณุโลก" ในปี พ.ศ. 2520 ต่อมาได้ยกฐานะเป็น "บัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยนเรศวร" เมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2533